در اسناد بازجویی سعید امامی آمده‌است: «علی فلاحیان با وجود آنکه خود حاکم شرع بود، اما معمولاً و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصاً صادر نمی‌کرد. او این احکام را از عزیزالله خوشوقت، محمدتقی مصباح یزدی، ابوالقاسم خزعلی، احمد جنتی و گاهی نیز از محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و به دست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتظر دستور می‌ماندیم».
عبدالله ناصری مشاور وقت خاتمی در این مورد می‌گوید «این برنامه‌ای بود که در وزارت اطلاعات و بیرون از وزارت اطلاعات مدیریت شده بود و آقای سعید امامی هم یکی از این افراد مطرح بود اما نهایتاً پرونده با قتل او در زندان از مسیر اصلی منحرف شد.»
به گفته محمد بلوری دبیر وقت بخش حوادث روزنامه ایران که برای اولین بار قتل‌ها را به عناصری در وزارت اطلاعات منسوب کرد، عاملین قتل‌ها جزء اندک افرادی بودند که طی سال‌های انقلاب نه با دلایل اعتقادی بلکه با انگیزه‌های قدرت‌طلبی به صف انقلابیون از جمله دستگاه اطلاعات نفوذ کرده بودند که بعضاً سابقه مجرمانه نیز داشتند
سعید امامی (اسلامی)
سعید امامی یا سعید اسلامی از مأمورین بلندپایه وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران و از معاونین علی فلاحیان از زمان وزارتش بود. او در زمان قتل‌های زنجیره‌ای در وزارت اطلاعات مشاور بود.
سعید امامی پنجم بهمن ماه سال ۷۷ بازداشت شد ولی نام او و سایر متهمان بازداشت شده به رسانه‌ها راه نیافت تا آنکه آخرین روزهای خرداد ۷۸ اخباری از برخی از بازداشت شدگانی که سمت‌هایی در حد مدیرکل را در وزارت اطلاعات بر عهده داشتند در برخی از روزنامه‌ها انتشار یافت. رئیس وقت سازمان قضائی نیروهای مسلح سعید امامی را یکی از چهار عامل اصلی قتل‌های زنجیره‌ای معرفی کرد و گفت: «عاملان اصلی با توجه به تحقیقات انجام گرفته مصطفی کاظمی، مهرداد عالیخانی، خسرو براتی و سعید امامی هستند.» نیازی کمترین مجازات سعید امامی را اعدام اعلام کرد و گفت: «با توجه به مدارک موجود و اعتراف‌های صریح سعید امامی، وی هیچ گونه راه فراری نداشت و اگر با این اتهامات به دادگاه می‌رفت حکم او اعدام بود.»
چند ماه بعد، در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۷۸ (خورشیدی)، دادستان مجتمع قضایی نیروهای مسلح طی اطلاعیه‌ای مدعی شد که سعید امامی که بالاترین عضو و مسئول اصلی «قتل‌های خودسرانه» معرفی شده بود، در زندان اوین، هنگام استحمام، با خوردن داروی نظافت، خودکشی کرده‌است.
بسیاری احتمال دادند که او برای جلوگیری از افشای بسیاری از مسائل مربوط به وزارت اطلاعات و ارتباط آن با قتل‌ها، در زندان کشته شده‌است. برخی دوستان سعید امامی از جمله روح‌الله حسینیان ادعا کردند «سعید امامی کشته شد تا طراحی قتل‌ها را به گردن او بیندازند.» بسیاری از اصلاح‌طلبان نیز مدعی شدند سعید امامی کشته شد تا آمران اصلی قتل‌های زنجیره‌ای معرفی نشوند. ز نظر مورخ سیاسی، عبدالله شهبازی که سعید امامی را یک نفوذی با سابقه در دستگاه اطلاعات می‌داند قتل او به وسیله دیگر عناصر نفوذی وابسته به خارج انجام شد تا ارتباطات خارجی آن‌ها لو نرود.
مطبوعات ایران، امامی را نه تنها در قتل فروهرها، مختاری، پوینده و شریف مسئول دانستند، بلکه از او به عنوان یکی از عوامل قتل‌های دهه ۶۰ و ۷۰ شمسی شامل ترور سعیدی سیرجانی، واقعه ترور میکونوس، ماجرای اتوبوس ارمنستان (عملیات ناموفق به دره افکندن اتوبوس حامل ۲۱ تن از نویسندگان و روشنفکران) و مرگ غیرمنتظره احمد خمینی فرزند روح‌الله خمینی (بنیانگذار جمهوری اسلامی) نام بردند.
مصطفی کاظمی
حسینیان می‌گوید که مصطفی کاظمی (موسوی) در اعترافاتش برنامه‌ریزی، دستور و مدیریت پروژه قتل‌ها را پذیرفته‌است: «آقای موسوی همه جریان را پذیرفته، خودش دستور داده. برنامه ریخته و شخصاً مدیریت پروژه قتل‌ها را هم پذیرفته‌است.»
او می‌گوید: «در این ماجرا، مدتی قبل از این‌که این قتل‌ها شروع بشود، آقای موسوی خدمت آقای خاتمی می‌رسد، ناگفته نماند که برای معاونت امنیت هم از طرف ریاست جمهوری، آقای موسوی پیشنهاد شده بود به آقای دری که ایشان به عنوان معاون امنیت نصب شود اما به ادله مختلف پذیرفته نشد. اما به عنوان جانشین معاون امنیت منصوب شد. قبل از این‌که این قتل‌ها به وقوع بپیوندد، ایشان خدمت رئیس‌جمهوری می‌رسد و مطلبی را اعلام می‌کند و می‌گوید که در وزارت اطلاعات، سناریویی در حال تدوین است و می‌خواهند عده‌ای را به قتل برسانند تا باعث سقوط دولت شما بشود. هنوز از قتل‌ها خبری هم نبود و حتی با یکی از مشاورین ریاست جمهوری هم تماس تلفنی گرفته و این جریان را گفته که خوشبختانه نوارش موجود است و ضبط شده این مکالمه. بعد از مدتی قتل‌ها شروع شد.
مهدی افشارزاده 