در بهمن ۱۳۷۸، فیلم اعترافات شش تن از متهمان قتل‌های زنجیره‌ای با حضور نیازی رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح و عهده‌دار رسیدگی به پرونده قتل‌ها، در جلساتی جداگانه برای سید علی خامنه‌ای، سران سه قوه و در جلسه غیر علنی مجلس پنجم، برای نمایندگان پخش شد که عکس‌العمل‌های متفاوتی را دربرداشت. متهمان در این فیلم مدعی همکاری با اف‌بی‌آی، سازمان سیا و موساد شده بودند.
اغلب نمایندگان جناح چپ (اصلاح‌طلب)، فیلم اعترافات را ابهام‌آمیز و فاقد ارزش حقوقی خواندند و پخش سراسری آن را نیز خلاف مصالح دانستند. برخی نمایندگان جناح راست نیز وابستگی این افراد به نهادهای خارجی را قبول نکردند. علیرضا غنی‌زاده، نماینده مردم ارومیه در مجلس پنجم در مورد فیلم نمایش داده‌شده اظهار کرد که در فیلم، متهمان اعتراف کردند که در تلاش برای ممانعت از پیگیری پروندهٔ قتل‌ها، نزد مسئولین رفته تا این‌گونه القا کنند که روند دستگیری‌ها، باعث ایجاد سستی در روحیهٔ نیروهای اطلاعاتی شده و موجب سوء استفاده مخالفین می‌شود، به همین دلیل با بمب‌گذاری در مشهد، قصد فراهم آوردن سوژهٔ تبلیغاتی این موضوع را داشتند. اما در مقابل این افراد، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح، نیازی، ضمن تأکید بر واقعی بودن اعترافات و نبود هیچ‌گونه فشار برای اعتراف گرفتن از متهمان، از انتشار گسترده گوشه‌هایی از این فیلم در داخل و خارج از کشور، گلایه کرد.
در خرداد ۱۳۸۰، فیلمی سه ساعته از مراحل بازجویی فهیمه دری نوگورانی، همسر سعید امامی و تعدادی دیگر از بازداشت شدگان پرونده قتل‌ها منتشر شد و بخش‌هایی از آن بر روی اینترنت قرار گرفت. این فیلم، حکایت از شکنجه شدید این زندانیان برای اخذ اعترافات عجیب در مورد ضدیت با جمهوری اسلامی، ارتباط با سرویس‌های جاسوسی بیگانه و فسادهای گسترده جنسی داشت. بازجویان با تهدید و ضرب و شتم و نسبت دادن اتهامات اخلاقی درصدد اثبات ارتباط عاملان اجرایی قتل‌های زنجیره‌ای با بیگانگان و سفر به اسرائیل بودند. تهیه‌کنندگان فیلم شکنجه متهمان قتل‌های زنجیره‌ای طی نامه‌ای به رئیس‌جمهور خاتمی در مرداد ۱۳۸۰، تأکید داشتند که بازجویی از متهمان به ویژه متهمان زن دارای صحنه‌های بسیار وحشتناک‌تر بوده که در فیلم موجود نیست.
بی‌بی‌سی مدعی است علنی شدن این نحوه بازجویی از متهمان که نتیجه آن، انحراف پرونده بر مبنای صدها صفحه اعترافات ساختگی بود، با پیگیری‌های بعدی محمد خاتمی، منجر به دستگیری اعضای تیم بازجویی و سر تیم آن‌ها به نام جواد عباسی کنگوری معروف به جواد آزاده شد. از سوی دیگر محافظه کاران، تلاشی گسترده را برای کشف عوامل انتشار این فیلم آغاز کردند. در ادامه این تلاش بود که عده‌ای از مسئولان وزارت اطلاعات و از جمله، سرمدی (معاون امنیت داخلی وزارتخانه) به اتهام درز دادن فیلم شکنجه‌ها مورد بازجویی قرار گرفتند. در واکنشی جداگانه به انتشار فیلم شکنجه، در تابستان ۱۳۸۰ جواد آزاده و سایر اعضای تیم بازجویی، کتابچه‌ای محرمانه را که به «جزوه ۸۰ صفحه‌ای» معروف شد در سطح نهادهای حکومتی ایران توزیع کردند.
در ادامه فضایی که پس از انتشار فیلم شکنجه‌ها به وجود آمد، پرونده از تیم جواد آزاده گرفته شد و به گروه دیگری سپرده شد. سپس، برخی از دستگیرشدگان پرونده قتل‌ها آزاد شدند و در عوض، جواد آزاده و همکارانش به زندان افتادند. تعدادی از بازداشت شدگان این پرونده پس از آزادی به کمیسیون اصل نود مجلس ششم مراجعه و اعلام کردند که در دوران بازداشت شکنجه شدند. با وجود اعترافات متهمان به جاسوسی، در حکم قضایی پرونده قتل‌ها، هیچ‌کس به «جاسوسی»، «خیانت» یا «ارتباط با دولت متخاصم» متهم نشد؛ که نشان‌دهنده رویکرد تبلیغاتی این اعترافات است.
عبدالله ناصری مشاور وقت خاتمی در این مورد می‌گوید شخصی به نام «ج. الف» که یکی از عناصر قتل‌های زنجیره ای بود تحت حفاظت و مصونیت یکی از نهادهای بالادستی قرار گرفت و مدیر اصلی پروژهٔ رسیدگی به پروندهٔ قتل‌ها شد. ناصری می‌گوید که پس از کشتن سعید امامی «عملاً مسیر پرونده را با آوردن خانم سعید امامی به پرونده و گرفتن اعترافات اجباری عوض کردند که اول و آخر این پرونده بشود سعید امامی و او هم که از بین رفته و زنده نیست. همسرش هم اعترافات اجباری کرد، آن فیلم‌هایی که در فضای مجازی منتشر شد، تمام آن بازجویی‌ها توسط همین آقای «ج. الف» از همسر سعید امامی صورت گرفت.»او می‌افزاید که «بعداً پرونده را کاملاً از دست دولت بیرون آوردند و به دست سازمان قضایی نیروهای مسلح افتاد. آقای خاتمی فقط چند نیروی اصلی این پروندهٔ قتل –مثل آقای «پ» یا آقای «الف» – این‌ها را دستور داد اخراج کنند، که این چهره‌های شاخص در جای دیگری به کار گرفته شدند.»
در مقابل عبدالله شهبازی معتقد است انتشار گزینشی فیلم بازجویی‌ها حربهٔ عوامل قتل‌های زنجیره‌ای برای انحراف پرونده و جلوگیری از افشاء ارتباطات خارجی عاملین بوده‌است. او توضیح می‌دهد که سه عضو اصلی تیم اول پیگیر پرونده در تحقیقات خود به شواهد تکان‌دهنده‌ای در مورد شخصیت و ارتباطات خارجی سعید امامی دست پیدا کردند. سعید امامی فردی متظاهر به مذهب اما از حیث اخلاقی منحرف بوده که به‌طور سری محافلی شبیه محافل شیطان‌پرستان برگزار می‌کرده و سفرهای مخفیانه‌ای به اسرائیل داشته‌است. سعید امامی بخشی از شبکه‌ای بزرگ‌تر بوده که در دستگاه‌ها و نهادهای ایران حضور داشتند. بعد از ارائه مستندات این گروه به مقامات عالی، انتشار گزینشی فیلم بازجویی‌ها و جنجال مطبوعات و جناح‌های سیاسی، باعث برکناری این تیم و مسکوت ماندن موضوع روابط خارجی سعید امامی می‌شود.
مهدی افشارزاده 