قتل‌های زنجیره‌ای از زمان برملا شدن تا سال‌ها بعد، فضای مطبوعاتی ایران را کاملاً تحت تأثیر خود قرار داد و نشریات زیادی از طیف‌های سیاسی گوناگون به این قتل‌ها پرداخته و همچنان می‌پردازند. در حالی که نگاه مطبوعات اصلاح‌طلب به عاملان داخلی و حکومتی قتل‌ها بود، روزنامه‌های راست‌گرا کوشیدند تا عوامل این قتل‌ها را غیر حکومتی یا بنابر تحلیل مورد نظر رهبر ایران، آن‌ها را عامل بیگانگان و دشمنان و مخالفان نظام جمهوری اسلامی معرفی کنند.
دو روزنامه خرداد و صبح امروز بیشترین تحلیل‌ها و اخبار مربوط به ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای را منتشر کردند و در حالی که ابعاد گسترده این قتل‌ها نمایان می‌شد، آن را به پرونده‌ای ملی تبدیل نمودند. سعید حجاریان، مدیرمسئول روزنامه خرداد می‌گوید که ما تلاش کردیم تا هیچ شماره‌ای از روزنامهٔ صبح امروز بدون مطلبی پیرامون قتل‌های زنجیره‌ای منتشر نشود. انتشار پیاپی اخبار و سلسله مقالاتی از اکبر گنجی و عمادالدین باقی، در این میان بسیار اثرگذار بود.
در ۸ آذر ۱۳۷۷، روزنامه رسالت خبر از دستگیری چند نفر در ارتباط با قتل فروهرها داد و آن‌ها را از نزدیکان و افرادی که به خانه وی رفت‌وآمد داشته‌اند، معرفی کرد.
۱۰ آذر ۱۳۷۷، حسین شریعتمداری در سرمقاله روزنامه کیهان نوشت که عاملان این جنایت را در میان دوستان و آشنایان فروهر هستند که افراد وابسته به جریان‌های مخالف نظام، عناصر ضدانقلاب، خبرنگاران رادیوها و رسانه‌های بیگانه بوده‌اند و رابطه قاتل یا قاتلان با سرویس‌های جاسوسی آمریکا و دنباله‌های داخلی آن‌ها کشف خواهد شد.
در ۲۴ آذر ۱۳۷۷، روزنامه کیهان به نقل از سید علی خامنه‌ای نوشت که دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد؛ و از اینکه عده‌ای نظام جمهوری اسلامی را در این قتل‌ها شریک می‌دانند انتقاد کرد.
در ۱ دی ۱۳۷۷، روزنامه جمهوری اسلامی قتل‌ها را با سازماندهی سازمان سیا دانست که هدف آن احیای کانون نویسندگان می‌باشد، تا بتوانند با گرفتن مجوزِ فعالیتِ مجدد، از این کانون به عنوان اهرم بزرگ فرهنگی غرب در این کشور استفاده کنند. در ۶ دی نیز همین روزنامه نوشت که این قتل‌ها توطئه‌ای است که نیروهای امنیتی نظام، در معرض حمله قرار گیرند و به سهل‌انگاری، سوء مدیریت، ناتوانی و بی‌کفایتی متهم شوند. تا ساختار امنیتی کشور از حالت فعال خارج شده و در موضع انفعالی قرار گیرد.
در ۲ دی‌ماه ۱۳۷۷، روزنامه رسالت با انتشار یادداشتی از محمدکاظم انبارلوئی قتل‌های زنجیره‌ای را کار عاملان سازمان سیا و پنتاگون دانست که در پوشش گروه‌های توریستی به تهران رفت‌وآمد دارند.
در ۱۵ دی‌ماه ۱۳۷۷، پس از انتشار اطلاعیه گروه فدائیان اسلام ناب محمدی مصطفی نواب توسط روزنامه صبح امروز و درخواست روزنامه سلام برای شناسایی عوامل امنیتی داخلی دخیل در قتل‌ها، وزارت اطلاعات با انتشار اطلاعیه‌ای اعلام کرد «معدودی از همکاران مسئولیت ناشناس، کج اندیش و خودسر این وزارت که بی شک آلت دست عوامل پنهان قرار گرفته و جهت مطامع بیگانگان دست به این اعمال جنایتکارانه زده‌اند».
به گفته محمد بلوری دبیر وقت بخش حوادث روزنامه ایران که برای اولین بار از اصطلاح «قتل‌های زنجیره‌ای» استفاده کرد، تا پیش از مقاله او که با شواهد و قرائن قتل‌ها را به مسئولین وزارت اطلاعات منتسب کرد در میان تحلیل‌گران و صاحب‌نظران سیاسی هیچ‌کس گمان نمی‌کرد عامل قتل‌ها عناصری از وزارت اطلاعات باشند.
مهدی افشارزاده 