در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، طی سخنرانی اظهار داشت که قتل‌ها چه مستقیم چه غیرمستقیم به وسیله «استکبار» انجام شده‌است و افزود «قتل شهروندان، هرکسی که باشد، جنایتی است بر خلاف امنیت ملی. همچنانکه قبلاً نیز به دستگاه‌های دولتی از جمله وزارت کشور، وزارت اطلاعات و دستگاه قضائی گفته شده‌است، این دستگاه‌ها باید به‌طور جدی، قتل‌های یک ماه اخیر را پیگیری کنند و تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
کمیته تحقیق خاتمی
با توجه به حساسیت شدید جامعه نسبت به قتل‌ها و وعدهٔ خاتمی برای مجازات عاملین آن، بلافاصله به دستور سید محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت، کمیته‌ای ویژه، مرکب از علی یونسی، رئیس وقت سازمان قضایی نیروهای مسلح؛ سرمدی (که در منابع گوناگون، با نام‌های ناصر، حمید و علی، از وی یاد شده‌است)، معاون وزیر اطلاعات، و علی ربیعی، مسؤول اجرایی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، مسئول پیگیری قتل‌ها شدند.
عبدالله ناصری مشاور وقت خاتمی در این مورد می‌گوید «افشاگر اصلی که به گوش آقای خاتمی و دولت و شورایعالی امنیت رساند، چندتن از مدیران اصلاح طلب وزارت اطلاعات بودند و بعضاً غیر مدیرانی که از نیروهای قدیمی وزارت اطلاعات بودند و آدم‌های سالم و اصلاح طلبی هم بودند. آنها گرای اولیه را دادند و بعد آقای خاتمی هیاتی تعیین کرد؛ ابتدا مسجل شد قتل‌های زنجیره‌ای توسط ادارهٔ کل امنیت داخلی وزارت اطلاعات صورت گرفته و حتی آقای دری هم به‌طور ضمنی در جریان قرار گرفته بوده؛ بعد از قتل این افراد، علت اینکه علی‌رغم مخالفت‌ها، آقای خاتمی پا در کفش کرده و اصرار کرد که آقای دری نجف‌آبادی باید عزل شود هم همین بود.»
علی ربیعی یکی از اعضای کمیته تحقیق خاتمی پیرامون چگونگی شناسایی و دستگیری متهمان می‌گوید: «ما به افراد عمده این گروه یعنی عالیخانی و سعید امامی (اسلامی)، بدون تردید شک داشتیم و حدس قوی می‌زدیم که قتل‌ها کار آن‌هاست؛ بنابراین برنامه‌ای در یک جلسه ریخته شد که من یقین داشتم به گوش سعید امامی (اسلامی) می‌رسد. در آن جلسه گفتیم که قرار است در چند روز آینده این افراد دستگیر شوند و اتفاقاً با آقای یونسی نیز هم‌نظر بودیم. بحث بازداشت به ضعیف‌ترین این حلقه، فشار وارد کرد و به نظر من موسوی حلقه ضعیف آنها بود. این‌ها می‌خواستند مسئله را سریع‌تر بگویند که بله این کار را که کردیم تشکیلاتی بود و این، آنها را شکست. ساعت حدود ۱۲ شب بود که بنده در منزل بودم و کسی زنگ زد و گفت با شما کار دارند. رفتم دم در و دیدم که بله! یکی از همین متهمان به در منزل آمده‌است. با وی قرار گذاشتم که فردا به اداره بیاید و بعد با هم صحبت کنیم. او صبح به اداره آمد و ماجرای قتل‌ها را به من گفت. حدود سه ساعت از ۹ صبح تا یک بعد از ظهر بخشی از این مسائل را این فرد گفت. من همان‌جا به آقای خاتمی تلفن زدم که به نظر من قصه روشن و باز شده‌است. حداقل این است که بخش‌های عمده‌ای از حدسیات ما درست بوده و می‌توان آن را پیگیری قضایی کرد».
متهمین که از مقامات رده‌بالای وزارت اطلاعات بودند، برای تکمیل پرونده و محاکمه تحویل سازمان قضایی نیروهای مسلح شدند اما به درخواست سازمان مذکور، کمیتهٔ تحقیق خاتمی انحلال خود را اعلام نکرد.
علی ربیعی در مصاحبه با خبرگزاری دانشجویان سال بعد اطلاعات بیشتری دربارهٔ انحلال کمیتهٔ تحقیق خاتمی ارائه داد: «در همان زمان جناب آقای نیازی با بنده صحبت کردند و ایشان فرمودند که اگر کمیته اعلام انحلال نماید، ما را با مشکل مواجه می‌کند. مردم تصور می‌کنند که رئیس‌جمهور پشت این پرونده نیست و با این جوی که در جامعه‌است، کار ما با مشکل مواجه می‌شود. شما این را اعلام نکنید. من نظر آقای نیازی را خدمت آقای رئیس‌جمهوری عرض کردم و در واقع آقای رئیس‌جمهوری هم متقاعد شدند که انحلال کمیته اعلام نشود.»
اما شواهد مانند انتخاب بازجویان سعید امامی و همسرش از سوی سعید حجاریان نشان می‌دهد که این کمیته تا مدت نامعلومی به کارش ادامه می‌داده‌است.
روح‌الله حسینیان دربارهٔ سرنوشت کمیته تحقیق خاتمی می‌گوید: «بعد از یک سال از رسیدگی به این پرونده خود آقای خاتمی به این نتیجه رسید که آن گروه، جریان رسیدگی را منحرف کردند و گروه جدیدی را انتخاب کردند که اگر چه از نیروهای چپ وزارت اطلاعات بودند اما متدین بودند؛ گروه جدید دستور آزادی افراد بی‌گناه را صادر کرد و کیفرخواست جدیدی را ارائه داد و دادگاه هم حکم را در مورد موسوی و همکارانش اعمال کرد. پس از کشف این موضوع که گروه بازجویی اول انحرافی عمل کرده‌است، یونسی وزیر اطلاعات وقت در جلسه‌ای از طرف آقای خاتمی پیام آورد که این مسئله در هیئت دولت مطرح شده‌است اما ما جواب حسینیان را چه بدهیم و خاتمی خواهش کرده بود که من دیگر موضوع را پیگیری نکنم تا به آن رسیدگی شود. من هم در پاسخ به خاتمی پیغام فرستادم که ما هم به دنبال بحران نبودیم اما دوستان شما کاری کردند که انحراف پیش‌آمد و بدانید که من ساکت می‌شوم اما شما نمی‌توانید دوستان خود را ساکت کنید.»
مهدی افشارزاده 