دادگاه متهمان قتل‌های زنجیره‌ای بدون حضور خانوادهٔ مقتولان و وکلای آنها نیز به صورت غیرعلنی تشکیل شد و رئیس دادگاه اعلام کرد که پس از استماع نظر و استدلال معاون دادستان نظامی تهران، چون علنی بودن دادرسی را موجب اخلال در امنیت و نظم عمومی تشخیص داده، مستند به بند ۳ ماده ۳۲۷ قانون آیین دادرسی کیفری و اصل ۱۶۵ قانون اساسی، قرار دادرسی غیرعلنی را صادر نموده‌است.
دادگاه در فاصله ۳ تا ۳۰ دی ۷۹ به صورت غیرعلنی و بدون حضور هیچ‌یک از وکلا یا اعضای خانوادهٔ مقتولان به ریاست محمدرضا عقیقی رئیس شعبهٔ دادگاه نظامی یک تهران برگزار شد.
با برگزاری ۱۲ جلسه دادگاه محرمانه و غیرعلنی در نهایت شعبهٔ یک دادگاه نظامی تهران به ریاست قاضی عقیقی در حکمی مصطفی کاظمی قائم مقام وقت معاونت امنیتی وزارت اطلاعات و مهرداد عالیخانی مدیرکل وزارت اطلاعات را به جرم آمریت و صدور دستور چهار فقره قتل به چهار بار حبس ابد محکوم کرد.
متهمان که از کارمندان وزارت اطلاعات بودند، در اعتراف‌های خود، قتل‌ها را «حذف فیزیکی» خوانده‌اند که از طرف وزارت اطلاعات به آنها ابلاغ شده و تأکید کرده‌اند که جزو «وظایف سازمانی» آنان بوده‌است و بر اساس دستور و روال‌های از پیش مشخص‌شده عمل کرده‌اند. عبدالله اسدی، کارمند وزارت اطلاعات، در نوشته‌های خود پس از دستگیری مورخ ۱۳۷۷/۱۰/۱۳ می‌گوید: «اینجانب به مقتضیات شغلی که دارم و طبق روال گذشته که در پرینت کاری که در وزارت برایم در نظر گرفته شده به جز موارد دستگیری، بازرسی و انتقال و ربایش و طراحی و هدایت عملیات، انجام حذف فیزیکی در برنامه کاری پیش‌بینی شده؛ لذا طبق روال گذشته فقط اجرای حکم داریوش فروهر و همسرش به ما محول شد و آنهم طبق دستور سلسله مراتب یعنی از سوی مسئول اداره و مدیرکل مربوط و ما هم از قدیم تا این حد را مجاز بودیم بدانیم به خاطر مسائل حفاظتی و امنیتی و طبق روال قبل که کار از سوی آنها ابلاغ می‌شد و سپس انجام می‌شد، این کار را هم به اتفاق برادران قبول کردیم.»محسنی، کارمند وزارت اطلاعات، در جلسه دادگاه مورخ ۱۳۷۹/۴/۱۵ در مورد قتل‌های صورت گرفته، می‌گوید: «کار حذف فیزیکی و دیگر کارها از قبیل دستگیری، انتقال متهم و مراقبت ثابت و غیره از سال ۱۳۷۰ در پرینت کاری از طرف وزارت برای ما مشخص شده بود و جزء وظایف قسمت ما بود.»علیرضا داوودی معروف به امیر اکبری، کارمند دیگر وزارت اطلاعات در دادگاه مورخ ۱۳۷۹/۳/۴ با قبول نکردن اتهام قتل می‌گوید: «اتهام را قبول ندارم. این امور در تشکیلات اطلاعات بسیار عادی است. تمام برادران در هر کاری که شرکت کنند با وضو بوده و با ذکر مأموریت انجام می‌دهند.» او همچنین تأکید می‌کند که: «این نوع مأموریت‌ها را تیم‌های بسیار انجام داده‌اند و برای آنها هم جوایز بزرگ دریافت کرده‌اند».
اصغر اسکندری معروف به سیاحی، یکی دیگر از کارمندان وزارت اطلاعات، در جلسه دادگاه مورخ ۱۳۷۹/۴/۱۵ در مورد قتل فروهرها می‌گوید: «این نمونه اقدام‌ها روال کار تشکیلات وزارت بوده و در نتیجه اقدامات مذکور بار اول اینجانب نیز نبوده. از چندین سال قبل از حذف‌های موسوم به قتل‌های زنجیره‌ای ما با آن مأنوس بودیم تا حدی که در پیش‌بینی برنامه‌های سالانه شاخص‌ترین فعالیت‌های حذف و ربایش در نظر گرفته می‌شد و این امر هنوز به صورت مکتوب در اسناد تشکیلات باقی است.» مصطفی قربان‌زاده معروف به هاشم، کارمند دیگر وزارت اطلاعات، در دادگاه در مورد قتل فروهرها ذکر می‌کند: «بنده تنها انجام دستور کرده‌ام. پس از حذف از منزل خارج شدیم و به محل کار مراجعه نمودیم. حتی به علت طولانی شدن کار، اضافه‌کاری آن شب را برای بنده محاسبه نموده و به همراه حقوق بنده توسط فیش حقوقی پرداخت شد.»
علی روشنی مسئول وقت حراست بهشت زهرای تهران به جرم مباشرت در قتل محمد مختاری و محمد جعفر پوینده به دو فقره قصاص نفس و محمود جعفرزاده عضو اداره عملیات وزارت اطلاعات را به جرم مباشرت در قتل داریوش فروهر به یک فقره قصاص نفس محکوم شدند. همچنین علی محسنی دیگر عضو ادارهٔ عملیات وزارت اطلاعات را به جرم مباشرت در قتل پروانه اسکندری (فروهر) به یک فقره قصاص نفس پس از پرداخت نصف دیهٔ کامل به قاتل محکوم شد.
حمید رسولی و محمد عزیزی (وزارت اطلاعات) از مدیران میانی وزارت اطلاعات هر دو به جرم آمریت و صدور دستور در راستای اجرای دو فقره قتل آقای داریوش فروهر و خانم اسکندری به دو فقره حبس ابد محکوم شدند. خسرو براتی به جرم معاونت در قتل به ده سال زندان و اصغر سیاح به شش سال زندان محکوم شدند و سایر متهمان شامل ابوالفضل مسلمی، مصطفی کاظمی، محمدحسین اثنی‌عشر، علی صفایی‌پور و علی ناظری به دو و نیم تا چهار سال زندان محکوم شدند.
دادگاه ۳ نفر از اعضای بازداشت‌شدهٔ وزارت اطلاعات را تبرئه کرد و متهمان همگی به غیر از خسرو براتی از اعضای رسمی وزارت اطلاعات بودند.
با اعتراض وکلای متهمان قتل‌های زنجیره‌ای رأی دادگاه در دیوان عالی کشور نقض شدو محمد عزیزی و علی روشنی در شعبهٔ پنجم دادگاه نظامی تهران به تغییر عنوان اتهام مواجه شدند. مجازات محکومان به قصاص نیز به دلیل آنچه گذشت خانوادهٔ مقتولان ذکر شد، به ۱۰ سال زندان کاهش یافت.
مهدی افشارزاده 