بهمن ماه قربانعلی دری نجف آبادی وزیر اطلاعات وقت از سمت خود استعفا داد. نجف آبادی بارها در مصاحبه‌ها گفته بود که از قتل‌های صورت گرفته توسط پرسنل وزارت اطلاعات، بی‌اطلاع است. دادستان مجتمع قضایی نیروهای مسلح تنی چند از مسولین عالی رتبهٔ وزارت اطلاعات را دستگیر کرد. از این افراد می‌توان به سعید امامی مشاور وزارت و معاون سابق امنیت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی (در زمان تصدی فلاحیان)، مصطفی کاظمی معاون امنیت وزارت اطلاعات در زمان انجام قتل‌ها و اکبر خوش‌کوش رئیس گروه ضربت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی اشاره کرد.
دری نجف‌آبادی بعدها خاطر نشان کرد: هنگامی که مسئولیت وزارت اطلاعات را به عهده گرفت، سعید امامی معاون بررسی وزارتخانه بود و به دلیل حساسیتی که نسبت به وی وجود داشت، او را از این سمت برکنار کرد و به وی حکم مشاور را داد و سپس مصطفی کاظمی (متهم دیگر پروندهٔ قتل‌ها) را به آن دلیل که رابطهٔ نزدیکی با جبههٔ دوم خرداد و ستاد انتخاباتی خاتمی داشته با تأیید محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت به سمت معاونت خود برگزیده‌است.
عبدالله نوری درجلسه دادگاه خود، دری نجف‌آبادی را متهم به آگاه بودن از قتل‌ها کرد. بر اساس پرونده قتل‌های زنجیره‌ای، از جمله داریوش و پروانه فروهر، قاتلان آنها در وزارت اطلاعات، آنان را طبق دستور سلسله مراتب خود کشته بودند و این‌گونه عملیات را در وزارت اطلاعات «عادی» می‌دانستند. همچنین قاتلان فروهرها در فیش حقوقی رسمی خود اضافه‌کاری دریافت کرده و بعداً مورد تشویق اداری قرار گرفته بودند. قربانعلی دری نجف آبادی که پیشتر در هیئت دولت قسم خورده که قتل‌های زنجیره‌ای کار نیروهای اطلاعاتی نیست، بار دوم پس از تأکید دستگیرشدگان عضو وزارت اطلاعات به اتهام قتل‌ها، مبنی بر این که دستور قتل‌ها را از وی گرفته بودند، با قید قسم جلاله از خود رفع اتهام کرد
مهدی افشارزاده 