بر اثر پافشاری رئیس‌جمهور وقت، محمد خاتمی، وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۷۷ طی اطلاعیه‌ای که قبلاً نظیر آن در هیچ وزارت‌خانهٔ جمهوری اسلامی دیده نشده بود به صورت رسمی اعلام کرد که عده‌ای از اعضای آن وزارتخانه در طراحی قتل‌ها دست داشته‌اند. متن این اطلاعیه به شرح ذیل بود:
وقوع قتل‌های نفرت‌انگیز اخیر در تهران، نشان از فتنه‌ای دامن‌گیر و تهدیدی برای امنیت ملی داشته‌است. وزارت اطلاعات بنابه وظیفهٔ قانونی و به دنبال دستورهای صریح رهبری و ریاست جمهوری، کشف و ریشه‌کنی این پدیدهٔ شوم را در اولویت کاری خود قرار داد و با همکاری کمیتهٔ ویژهٔ تحقیق رئیس‌جمهوری، موفق گردید شبکهٔ مزبور را شناسایی، دستگیر و تحت تعقیب و پیگرد قانونی قرار دهد و با کمال تاسف، معدودی از همکاران مسئولیت ناشناس، کج‌اندیش و خودسر این وزارت که بی‌شک آلت دست عوامل پنهان قرار گرفته و در جهت مطامع بیگانگان دست به این اعمال جنایتکارانه زده‌اند، در میان آن‌ها وجود دارند. این اعمال جنایتکارانه نه تنها خیانت به سربازان گمنام امام زمان (عج) محسوب می‌شود، بلکه لطمهٔ بزرگی به اعتبار نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران وارد آورده‌است. وزارت اطلاعات ضمن محکوم کردن هر جنایت علیه انسانها و هرگونه تهدید امنیت شهروندان و درک عمیق از ابعاد فراملی این فاجعه، عزم قاطع خود را در ریشه‌کنی عوامل و محرکان خشونت سیاسی و تضمین امنیت اعلام داشته و به امت شریف ایران اطمینان می‌دهد همان‌گونه که در فراز و نشیب‌های انقلاب اسلامی، حافظ امنیت و استقلال کشور و حقوق شهروندان بوده‌است، این‌بار نیز با تمام توان و امکانات خود بقایای باندهای منحرف و قانون‌ستیز را مورد هجوم قرار داده و سایر سرنخ‌های داخلی و خارجی این پروندهٔ پیچیده را برای دستیابی به دیگر عوامل این فتنه دنبال خواهد کرد.
روزنامه سلام یک روز قبل از انتشار این اطلاعیه، در یادداشتی، پشت پردهٔ قتل‌های زنجیره‌ای را این‌چنین روایت کرده بود:
نمی‌توان تصور کرد افرادی از درون قدرت به مرحله‌ای از انحراف و ضلالت رسیده باشند که انجام جنایاتی از این نوع را مشروع بدارند و بپندارند با چنین جنایات و ظلم‌هایی می‌توان به اسلام و نظام اسلامی خدمت و آن را تقویت کرد.
به هر روی، به گفته مصطفی پورمحمدی، یکی از اعضای «هیئت مرگ (کمیته اعدام)» در قتل‌عام ۱۳۶۷، قتل‌های زنجیره‌ای خودسرانه نبوده؛ بلکه از درون نظام جمهوری اسلامی، انجام شده‌است.
مهدی افشارزاده 